临床微生物实验室的主要目标是以临床认可的准确、最低成本、最快速度和最大限度提供对临床或流行病学有用的信息（Jay P.Sanford M.D.）。
正确的标本处理、标准化的标本评价及操作、结果的规范报告对实现这个目标具有重要意义，缺乏相关可遵循标准长期困扰着从事常规工作的临床微生物室人员。
一、标本处理应考虑的问题
    标本处理时首先应考虑标本类型和解剖学来源；其次要选择每种类型标本应使用的基础分离培养基；最后选择培养温度和气体条件。在处理所有标本时，除尿标本外，常规培养都应该在生物安全柜中进行。最重要的标本必须最先接种培养基，通过手术等侵入性手段采集的标本要以最快的速度接种培养，延误接种和处理某些标本会影响培养质量及分离出病原菌的能力；标本培养和涂片时应选择脓性标本部分。
二、尿培养的评价标准
    传统意义上，尿培养菌落计数>10万cfu/ml是有临床意义的报告，但近些年来临床情况变得越来越复杂，要根据患者是否有临床症状、性别、标本采集方式、是致病菌还是条件致病菌等判断。
三、上呼吸道咽部标本培养
     报告临床的主要病原菌A群β溶血链球菌（C群, G群β溶血链球菌可报告）； 选择性报告溶血隐秘杆菌。不报告咽炎中非致病菌：金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、卡他莫拉菌、α溶血链球菌、所有革兰阴性杆菌和所有酵母菌。
四、下呼吸道标本诊断肺部感染
     由呼吸道感染引发菌血症或血流感染占12%，仅次于血管内装置(19%)和泌尿生殖道(17%)来源。因此, 在对肺部感染患者进行下呼吸道标本检验同时，应送检血培养,可以提高肺部感染病原菌诊断的正确率。
    咳痰困难时经诱导后的咳痰，不能用于检测卡氏肺囊虫和结核分枝杆菌，但可做其他病原检查；因气管插管24h后会有定植菌，故气管和人工气道吸出物标本仅当出现临床肺炎症状（发热和浸润）时才建议做培养，否则结果可能与疾病不符；是好的深部痰标本还是上呼吸道来源的标本要经痰涂片革兰染色判断。
由侵入性手段获得的支气管肺泡灌洗液、支气管灌洗液和保护的毛刷标本对诊断肺部感染有重要意义的标本，但这3种标本适合诊断的病原和所适用的试验不同。 
下呼吸道标本细菌培养结果报告复杂，如：明确的致病菌、条件致病菌要根据是否有临床意义的数量、是否是优势菌、涂片提示多形核白细胞和培养是否一致、是否是免疫抑制患者等。

五、对培养基、试剂的质量控制对于正确报告培养和鉴定结果起到重要保障作用。