引物设计：
引物（primer）：
DNA引物设计：
引物设计原则：
引物与模板互补
引物与引物间避免形成稳定的二聚体或发夹结构
尽量避免引物在模板的非目的位点结合
探针设计
杂交探针（hybridizationprobe）:
探针类型：
DNA探针：即一段DNA片段。早期主要用于Southern印迹杂交，通过克隆基因、限制性内切酶获得特定片段制备DNA探针。也可通过PCR扩增或人工合成获得。
RNA探针：指带有标记，能与组织内相对应的核苷酸序列互补结合的一段单链cDNA或cRNA分子。由于RNA是单链分子，它与靶序列的杂交反应效率较高。目前RNA探针主要有3种类型：
① 单链cDNA探针：它可通过RNA逆转录获得；
② cRNA探针：是以cDNA为模板，通过体外转录而获得；
③ 寡核苷酸探针：以核苷酸为原料，通过DNA合成仪人工合成。
肽核酸（peptidenucleic acid，PNA）：是具有类多肽骨架的DNA类似物，PNA的主链骨架是由N（2-氨基乙基）-甘氨酸与核酸碱基通过亚甲基羰基连接而成的。PNA可以特异性地与DNA或RNA杂交，形成稳定的复合体。
肽核酸（peptidenucleic acid，PNA）：是具有类多肽骨架的DNA类似物，PNA的主链骨架是由N（2-氨基乙基）-甘氨酸与核酸碱基通过亚甲基羰基连接而成的。PNA可以特异性地与DNA或RNA杂交，形成稳定的复合体。
探针设计
探针的设计对杂交检测至关重要，它决定着检测的特异性。探针与目标核酸相互作用越强，探针检测的特异性越高。
影响检测特异性最重要的因素是探针的长度。目前，根据探针寡核苷酸的长度，可以分为两类：
探针标记（probelabeling）：
杂交条件优化：
如何提高信噪比，达到最佳目标核酸识别和检测效果，需要对杂交条件进行优化。
