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CRISPR技术:剪切拼接基因序列的“魔法剪刀”

CRISPR/Cas9技术作为一种基因编辑手段,具有巨大潜力,可以精准地编辑生物基因组。其原理基于细菌的天然免疫系统,通过指导蛋白(Cas)和RNA的配合来精确修饰DNA序列。这种技术不仅在基础科学研究中广泛应用,还在医疗、农业和生物生产等领域展现出巨大应用前景。CRISPR/Cas9技术在医学和农业领域的应用前景如何?它能否真正实现治疗基因相关疾病和改良农作物的目标?CRISPR/Cas9技术的局限性和风险是什么?如何解决其可能引发的伦理和法律问题?


一览:


CRISPR 是在许多原核生物的基因组中都存在的一种DNA 序列,是细菌抵御病毒入侵的一种防御手段。科学家们受启发,开发出了CRISPR基因编辑技术。

CRISPR/Cas系统通过切割基因、插入新基因,能够快速、精确地修改目标生物的遗传信息。

CRISPR的应用范围很广泛:基因治疗、医疗保健、农业、生物生产等。

CRIPSR/Cas引发了许多伦理问题,对于其潜在用途和影响众说纷纭,也在欧洲议会上引发了辩论。

随着去年欧洲议会放宽对转基因技术的限制[1],一种叫做CRISPR/Cas9的基因编辑技术开始引发争议:一些人对它深表担忧,另一些人则抱乐观态度。本文将介绍CRISPR/Cas9的原理,以及这种技术蕴含的可能性、局限性和潜在挑战。


01 CRISPR/Cas9,基础科研的诺奖成果

CRISPR(成簇的规律间隔的短回文重复序列)是在许多原核生物(细菌、古细菌等)的基因组中都存在的一种DNA 序列,1987 年首次在大肠杆菌中发现[2]。在CRISPR序列中,有多个较短的重复序列,由间隔序列分隔开。经过 20 多年[3]的深入研究,学术界发现原来CRISPR系统是细菌抵御病毒入侵的一种防御手段[4]。


间隔序列其实是来自病毒的基因片段,由细菌主动整合到自己的基因组中。当病毒入侵,CRISPR DNA 会被转录成 RNA,RNA 又被切割成crRNA (CRISPR RNA),作为引导分子。每个crRNA对应一个间隔序列,也就是说对应一种病毒。成熟的 crRNA与Cas 蛋白形成核糖核蛋白复合体,crRNA 引导 Cas蛋白定位病毒核酸,进行切割,达到免疫防御的目的,从而结束感染。


因此,CRISPR/Cas抵御外来病毒入侵分三个步骤:1、crRNA的表达;2、crRNA识别病毒基因组;3、crRNA 引导 Cas 蛋白靶向切割病毒核酸。当原核生物遇到新病毒时,会将其的基因片段添加到自身的CRISPR记忆库中,因此 CRISPR/Cas免疫反应具有特异性(只针对一种病原体)。更重要的是,记忆库就存在于细菌的基因组中,可以“代代相传”。作为一种基因编辑手段,CRISPR系统操作简便,在微生物学界之外也广为人知。


02 使用 CRISPR/Cas9 修改基因组

CRISPR/Cas系统的基本原理,是将crRNA与Cas酶结合。crRNA负责将Cas酶带到某种生物基因序列中的目标位置,Cas酶充当“分子剪刀”,在特定位置切割 DNA。切割后,有几种可能性。其一,生物体自身存DNA损伤修复的应答机制,会将断裂上下游两端的序列连接起来,从而实现了细胞中目标基因的敲除。其二,如果给细胞提供同源修复模板,模板就会被插入到切口里。


由于CRISPR/Cas9系统能在DNA 序列的任意位置进行切割,故适用于遗传信息的精准编辑——引入小小的基因突变、插入新基因、关闭某个基因的功能(即不给细胞提供同源修复模板)。现在,订购定制的crRNA简单又便宜,CRISPR已成为了一种有效易得的基因编辑技术。


“由于CRISPR/Cas9系统能在DNA 序列的任意位置进行切割,故适用于遗传信息的精准编辑。”


在原核生物中,Cas酶种类繁多,具有不同的功能和特性[5]。首个CRISPR系统使用的是Cas9,它可以对双链 DNA进行切割。然而,不同微生物产生的Cas酶,功能略有差异,剪切精度、剪切片段长度不尽相同。Cas12可以一次性编辑多个基因片段、进行表观遗传操控,也可用于病原体DNA检测。Cas13能切割RNA,故可用于检测病原体RNA,还能用于编辑tRNA,在不改变DNA的前提下影响基因的表达。


CRISPR/Cas基因编辑技术蓬勃发展,众多课题组正在这一领域开展研究。2012年,法国和美国科学家Emmanuelle Charpentier 和 Jennifer Doudna将首创的CRISPR/Cas9基因编辑技术在论文中公布与众[6],于2020年荣获诺贝尔化学奖[7]。同期,其他的学者发表了使用CRISPR/Cas9编辑真核细胞基因组的初步结果,包括美籍华裔科学家张锋,及其合作者[8]、前导师 George Church [9]。这四位科学家后续都创办了基因编辑生物技术公司,而由于CRISPR/Cas 技术具有重大的经济价值,四人所属的院校已经打起了专利战。


03 CRISPR/Cas技术的应用

CRISPR/Cas 技术仅仅诞生了十年,却已成为生物学基础研究的实验室“标配”。由于能方便快捷地替换、修改基因,CRISPR/Cas很适合用于研究特定基因的功能。即使须要在整个基因组里筛查某些特定基因也不在话下。CRISPR的应用领域相当广泛,尤其在医疗、农业学和生物生产三个领域。


治疗单个基因功能障碍引起的疾病,CRISPR/Cas能大显身手。CRISPR/Cas9系统可作为一种新型基因疗法,把突变致病基因替换成功能正常的健康基因。2023年底,英国成为了第一个批准CRISPR/Cas治疗遗传疾病的国家。Vertex和CRISPR Therapeutics两家欧美企业联合开发的CRISPR/Cas疗法CASGEVY能治疗血红蛋白基因突变引起的慢性贫血,已在美国和英国获批。在法国,这种疗法于2024年1月18日获批提前准入[10]。


对于因少数基因异常导致的疾病,CRISPR/Cas简化了治疗,但它无法克服基因疗法的所有局限性。血液、眼睛、肝脏等器官易于CRISPR/Cas系统送达,但在不引起副作用的前提下,精准针对所有病变细胞仍是个挑战。CRISPR/Cas的潜在医学应用不限于基因治疗和诊断,还包括消灭艾滋病感染者体内的病毒[11]、对抗疟疾[12]、辅助器官移植[13]、治疗糖尿病[14]等,以上用途目前处于测试阶段。


从古至今,农业和畜牧业一直在通过漫长的人工选择和杂交育种,筛选动植物的优良性状,这也是一种“基因修改”。分子生物学的发展彻底颠覆了传统模式。现在我们能更清楚地了解每个基因的作用,精准编辑,甚至插入新的基因,而不是在新一代动植物出生后再碰运气寻找突变,大大提高了效率。潜在的应用简直是无穷无尽:培育耐热、耐旱、抗病虫害特质(减少农药使用);提高产量(减少化肥使用);延长农作物存放期限以避免浪费;增加营养物质含量[15]等等…


CRISPR/Cas 实现的定向基因修改也可用于培育新型农产品,例如天然无咖啡因的咖啡豆[16]、无过敏原的作物。现在就有人在研发无麸质小麦[17]。如果不是删除基因而是插入新基因,就能将酵母、藻类或细菌等微生物变成“生物工厂”,合成生物燃料、药用化合物、化妆品原料、维生素等。简单易用、潜力无穷的CRISPR/Cas已经在合成生物学引发了一场技术革命。


04 CRISPR/Cas的局限性

CRISPR/Cas有时被描述得无所不能,但它也有局限性。即使精准编辑了一个生物的基因组,也不能保证表现型一定会改变。有些生理机制由多个基因控制,就算使用CRISPR/Cas,也无法轻易操控。基因对生物体的正常功能至关重要,对其进行修改可能会产生有害的后果。功能已知的基因,不能直接移植给别的物种,指望其拥有相关特性。在受控环境中用简化模型开展的实验,得到的结果未必能直接应用于实际。


更重要的是,CRISPR/Cas并非100%可靠,可能会出现脱靶现象,修改不该修改的基因序列。如果基因疗法期间发生脱靶,会有不利后果。除此之外,还有其他的技术挑战有待克服[18]。CRISPR/Cas疗法的可获性也是个问题。CASGEVY标价220万美元,就算能治愈疾病,价格仍太高,势必难以普及。


“虽然CRISPR/Cas的一些用途看似美好,但另外的一些用途会引发伦理道德困境。”


价格只是CRISPR/Cas技术引发的诸多社会伦理问题之一。就像任何技术一样,CRISPR/Cas本身没有好坏之分,一切由使用方式决定,包括短期内可实现的用途,以及未来有可能实现的用途。通过编辑基因治好不治之症,固然美好,但基因编辑可不是儿戏。2018年,南方科技大学原副教授贺建奎违法进行人类胚胎基因编辑活动,对若干个人类胚胎基因进行修改,试图使其天然具备艾滋病抵抗力。成果宣布后,贺建奎受到了学界的强烈谴责,以及法律的制裁,被判处有期徒刑三年,2022年刑满释放。虽然贺建奎的实验采取了违规手段,且违背伦理道德,但最后的确有两名基因编辑婴儿降生[19]。


伦理困境还有很多:该不该对植物进行基因改造,以提高其抗旱能力?该不该改造宠物猫,使其毛发不容易引发人类过敏[20]?蚊子传播的疾病每年导致数十万人死亡,该不该通过基因编辑大规模消灭蚊子种群[21]?如果你对三个问题的答案不同,原因是什么?


这些都是复杂的问题,但考虑到技术发展的速度之快,形成共识势在必行。欧盟的“六国集团”汇集了六大欧洲研究机构,包括法国国家科学研究中心(CNRS)。在欧洲议会最近的辩论中,CNRS发布新闻稿呼吁“应重视转基因生物性状引发的风险,而非转基因技术本身的风险。”[22] 未来会形成怎样的新法律法规呢?我们拭目以待。